La gran estupa tiene un origen incierto, pero los expertos lo datan en el reinado de Manadeva (464-505) o Sivadeva (590-604). Hay una leyenda que dice, a cerca de su origen, que una pobre mujer se acercó al rey para pedirle un terreno para construir una estupa. El rey le dijo que le concedería el terreno que cupiese dentro de la piel de un búfalo. La mujer, entonces, cortó a tiras la piel del animal y formó un gran circulo, que se supone es donde se asienta actualmente la estupa de Boudhanath. Durante todo el día se pueden ver peregrinos deambulando, haciendo rodar los cientos de molinillos de oración mientras dan 3 vueltas a la gran estupa, pero cuando el lugar adquiere más magia, es cuando se pone el sol. A esas horas, vienen los tibetanos a rezar y hacer sus plegarias a Buda. En todo el recinto se respira un misticismo fantástico, envuelto en los olores del incienso, la luz del ocaso, los sonidos de los mantras y el hondeo de las banderitas multicolor que cuelgan de la estupa.
