Le grand stupa a une origine incertaine, mais les experts le datent du règne de Manadeva (464-505) ou de Sivadeva (590-604). Il existe une légende sur son origine qui raconte qu'une pauvre femme s'est approchée du roi pour lui demander un terrain pour construire un stupa. Le roi lui dit qu'il lui accorderait autant de terre que la peau d'un buffle pourrait contenir. La femme coupa ensuite la peau de l'animal en lanières et forma un grand cercle, qui se trouverait à l'endroit où se trouve aujourd'hui le stupa de Boudhanath. Les pèlerins peuvent être vus errer autour du stupa tout au long de la journée, faisant tourner des centaines de moulins à prières alors qu'ils font trois fois le tour du grand stupa, mais l'endroit est le plus magique lorsque le soleil se couche. A cette époque, les Tibétains viennent prier et offrir leurs prières au Bouddha. Un mysticisme fantastique imprègne tout le complexe, enveloppé par l'odeur de l'encens, la lumière du coucher de soleil, les sons des mantras et le flottement des drapeaux multicolores suspendus au stupa.
