O grande stupa tem uma origem incerta, mas especialistas datam-no do reinado de Manadeva (464-505) ou Sivadeva (590-604). Há uma lenda sobre sua origem que diz que uma mulher pobre se aproximou do rei para pedir um terreno para construir um stupa. O rei disse-lhe que lhe daria tanta terra quanto coubesse dentro de uma pele de búfalo. A mulher então cortou a pele do animal em tiras e formou um grande círculo, que se acredita ser onde hoje fica o stupa de Boudhanath. Os peregrinos podem ser vistos vagando pelo stupa durante todo o dia, girando centenas de rodas de oração enquanto circulam o grande stupa três vezes, mas o lugar fica mais mágico quando o sol se põe. Nessa época, os tibetanos vêm rezar e oferecer suas preces ao Buda. Um misticismo fantástico permeia todo o complexo, envolto no cheiro do incenso, na luz do pôr do sol, nos sons dos mantras e no tremular das bandeiras multicoloridas penduradas no stupa.
