C'est une région de monticules largement espacés en forme de volcan répartis sur environ 30 km dans l'ouest de l'Égypte entre la dépression de Farafra au sud et l'oasis de Bahariya au nord. La plupart de ses monticules sont couronnés par des seuils de basalte, ce qui leur donne la couleur noire caractéristique.
Les monticules du Désert Noir, atteignant 100 m de haut, varient en taille, composition, hauteur et forme, comme certains sont sombres et constitués de quartzite ferreux, tandis que d'autres sont plus rougeâtres puisque les roches à leur surface sont constituées de grès ferreux. À la périphérie du Désert Noir se trouvent des collines volcaniques qui démontrent l'éruption de dolérite volcanique sombre, remontant à la période jurassique.
Suite à la découverte d'un grand squelette de dinosaure sur ses frontières, le Désert Noir a été déclaré réserve naturelle en 2010.